Spécialiste des manuscrits de la mer Morte, Jean Duhaime est reconnu internationalement pour ses travaux sur la Règle de la guerre, un écrit propre à la communauté de Qumrân et qui caractérise bien le groupe juif qui l’a produit entre le 3^e siècle avant Jésus-Christ et le 1^er siècle après Jésus-Christ. Son intérêt pour le monde juif ancien l’a amené à cultiver une relation particulière avec les communautés juives actuelles et à s’engager dans un groupe de dialogue judéo-chrétien.

Il complète une maîtrise en théologie à l’Université de Montréal en 1974 et un diplôme de 3^e cycle à l'École biblique et archéologique française de Jérusalem en 1976. Il ajoute enfin à sa formation une maîtrise en sociologie de l’Université de Montréal (1996).

Professeur d’interprétation biblique à la Faculté de théologie et de sciences des religions de l’Université de Montréal de 1976 à 2013, Jean Duhaime  a cherché à favoriser chez ses étudiants une réflexion théorique et le dépassement personnel. Outre les manuscrits de la mer Morte, ses recherches portent sur les textes de la Bible hébraïque (prophètes, psaumes et écrits sapientiaux), de même que sur la contribution des sciences sociales à l'étude de la Bible.

Jean Duhaime est l’auteur de nombreux articles parus dans les revues les plus prestigieuses. Certains de ses écrits sont devenus des références incontournables des études qumraniennes. Il a par ailleurs dirigé la revue Théologiques et mené des recherches avec le Centre d’études des religions de l’Université de Montréal.